آقای خلیلی پیش از این به عنوان معاون شورا انتخاب شده بود ولی او دقیق یک هفته قبل از فوت گیلانی استعفای خود را اعلام کرد اما مشخص نشد که این استعفا قبول شد یا خیر.
پس از انکه گروه تروریستی طالبان برهان الدین ربانی اولین رئیس شورای عالی صلح را ترور کرد بعد از مدت ها بی سرنوشتی با تشکیل حکومت وحدت ملی پیر گیلانی به عنوان رئیس انتخاب شد.
گفتنی است که حرف و حدیث های فراوانی بر کارکردهای این شورای وارد کردند و برخی از کارشناسان معتقد به حذف این شورا شده بودند.
از سوی دیگر این شورا نتوانسته است طی سال های گذشته در روند صلح با توجه به هزینه های فراوانی که انجام داده است، مثمر واقع شود.
