تغییرات در نهادهای امنیتی زیر نام «اصلاحات» صورت می‌گیرد. اما گفته می‌شود اکثریت ۱۶۴ درجه دار ارتش افغانستان که با حکم رئیس جمهور باز نشسته شده اند وابسته به یک جناح و قوم مشخص افغانستان می‌باشد.
ستون فقرات ارتش افغانستان متشکل از نیروهای مجاهدین سابق و حزب دموکراتیک خلق می‌باشد. برخی نمایندگان پارلمان افغانستان مدعی هستند که رهبری حکومت زیر فشار امریکایی‌ها در تلاش کنارزدن چهره‌های وابسته به مجاهدین و حزب دموکراتیک خلق هستند. در سه و نیم سال گذشته تلاش شده است که افراد با تجربه و مسلکی از سمت‌های کلیدی و تأثیرگذار کنار گذاشته شود و افراد تازه وارد و جوان روی صحنه آیند. شانس بیشتر از آن کسانی است که کورس‌های نظامی را در کشورهای غربی به ویژه امریکا فرا گرفته‌اند. این درحالی است که اعضای نیروهای امنیتی افغانستان در جنگ با تروریسم بهای سنگین پرداخته‌اند.
اشرف‌غنی، رییس‌جمهور افغانستان به تاز‌گی حکم بازنشستگی ۱۶۴ درجه دار ارتش افغانستان را امضا کرده است و قرار است در روزهای نزدیک ده‌ها تن از افسران بلندرتبۀ وزارت داخله نیز بازنشسته شوند.
اشرف‌غنی از هنگام رسیدن به ارگ ریاست جمهوری پیوسته بر اصلاحات و تغییر در ساختار نهادهای امنیتی به ویژه ارتش افغانستان تأکید کرده است. او ساختار نیروهای امنیتی را «نامتوازن» و «یکجانبه» می‌داند و به همین دلیل تلاش می ورزد تعادل نسبی را در رده‌های بالا، میانی و بدنۀ نیروهای امنیتی افغانستان برقرار سازد.
اشرف‌غنی به منظور تحقق برنامه‌هایش در ارتش و نهادهای امنیتی، تلاش ورزیده است که افراد مورد اعتمادش را در رهبری وزارت‌های دفاع ملی و امور داخله و ریاست عمومی امنیت ملی به کار گمارد.
نقض قانون ذاتی افسران
دولت افغانستان مدعی است که درجه داران بر بنیاد قانون امور ذاتی افسران بازنشسته شده‌اند. دولت افغانستان قانون امور ذاتی افسران را تعدیل کرد و به مجلس فرستاد. مجلس نماینده‌گان تعدیلات حکومت را «عجولانه» خواند و آن را با شرایط افغانستان ناسازگار عنوان کرد. به همین دلیل، نمایندگان مجلس با اکثریت آرا طرح تعدیل قانون امور ذاتی افسران را رد کردند. اکنون، ریاست جمهوری بر بنیاد فرمان تقنینی، جنرالان ارتش را بازنشسته ساخته است. این درحالی است که قانون گذشتۀ امور ذاتی افسران همچنان نافذ می باشد. در موجودیت قانون، فرمان تقنینی جایگاهی ندارد.
در قانون امور ذاتی افسران سن تقاعد برای درجه داران ۵۰ الی ۵۲ سال ذکر شده است. برای افسران نیز سن ۶۰ سال در نظر گرفته شده و برای جنرالان با توجه به درجه آنان سن ۶۵ الی ۷۰ سال قید شده است. اما فهرست بازنشسته‌گان ارتش نشان می‌دهد که قانون امور ذاتی افسران نقض است. در میان بازنشستگان چهره‌های جوان و خوشنام ارتش افغانستان نیز مشاهده می‌شود. افرادی که تا رسیدن به سن قانونی تقاعد 20 سال دیگر فاصله دارند!
مبارزه با فساد با تغییر قراردادی‌ها
نهادهای امنیتی افغانستان سالانه دست کم چهار و نیم میلیارد دالر هزینه بر میدارند. بر بنیاد گزارش نهادهای ناظر بین‌المللی از جمله ادارۀ بازرس ویژۀ ایالات متحده امریکا، بخش قابل توجه این رقم از سوی رهبری و افسران بلندرتبۀ امنیتی افغانستان در شانزده سال گذشته حیف ومیل شده است. در موارد بسیاری گزارش شده است که سربازان و افسران نهادهای امنیتی در خطوط مقدم جبهه آب و نان نداشته‌اند و هزینۀ تغذیۀ آنها را مسوولان به جیب زده‌اند.
در بخش تدارکات نهادهای امنیتی افغانستان فساد گسترده وجود دارد. مأموران عادی بخش تدارکات وزارت‌های داخله و دفاع صاحب اپارتمان‌های مجلل در کابل و دیگر شهرهای افغانستان شده‌اند.
رهبری حکومت وحدت ملی متعهد گردیده بود که فساد را از نهادهای امنیتی برچیند. اما در سه و نیم سال گذشته در زمینۀ ریشه کن سازی فساد کاری صورت نگرفته است. تنها ابتکار رهبری نهادهای امنیتی تغییر قراردادی‌ها بوده است. قراردادی‌های پیشین را عوض کرده و افراد و کمپنی‌های نزدیکان و شرکای خویش را شامل پروژه‌های وزارت‌های داخله و دفاع ساخته‌اند.
مبارزه با فساد در حکومت افغانستان سیاسی و گروهی شده است.
رتبه‌های فرمایشی
ارتش افغانستان هزاران جنرال دارد. جنرال نیروهای امنیتی افغانستان به مراتب بیشتر از بسیاری از کشورهای جهان است.
تفویض رتبۀ نظامی در افغانستان بر بنیاد شایست‌گی، تعهد و تجربۀ آدم‌ها صورت نمی گیرد. بسیاری از این جنرالان «یک‌شبه» عالی‌ترین رتبۀ نظامی و حربی را گرفته‌اند. بسیاری از افرادی که رتبۀ جنرالی را کسب کرده‌اند، وابسته به خانواده‌های رهبران جهادی و سیاسی کشور بوده‌اند.
رییس‌جمهور غنی نیز در دورۀ مأموریتش رتبه‌های فرمایشی بسیاری را به یک گروه قومی مشخص تفویض کرده است. او به گونۀ نمونه در یک سال برخلاف تمام قوانین نافذه چندین رتبۀ نظامی به طارق شاه بهرامی وزیر دفاع ملی داده است. همچنان تلاش ورزیده است که افراد نزدیک خویش را در سمت‌های مهم ارتش و نهادهای امنیتی افغانستان به کار گمارد. چنانچه پیشتر جنرال دوستم معاون «تبعیدی» ریاست جمهوری، آقای غنی را متهم «لوگر» بازی کرد.
این اقدمات همزمان با گسترش ناامنی و جنگ در افغانستان صورت می‌گیرد. خشونت‌ها بیش از هر زمان دیگر در پایتخت و ولایات افزایش یافته است. منتقدان می‌گویند که غنی بدون در نظرداشت وضعیت جاری کشور برنامۀ تصفیۀ نهادهای امنیتی از مخالفان سیاسی‌اش را دنبال می‌کند. آنها می‌گویند که امروزه اولویت مبارزه با تروریسم و جلوگیری از حملات هراس‌افگنانه است، نه برخوردهای سلیقه‌یی و تیمی با ارتش و نیروهای امنیتی.
