شماری از کارمندان پیشین ادارۀ مستقل ارگان‌های محلی ادعا دارند با آمدن شمیم خان کتوازی به عنوان رییس این اداره، تصفیۀ قومی در این نهاد آغاز شده است. به گفتۀ آنان، شمار زیادی از کارمندان ادارۀ مستقل ارگان‌های محلی به دلیل حاکمیت آن چه تبعیض قومی در این اداره خوانده می‌شود، استعفا داده‌اند.
کارمندان برکنار شده همچنان ادعا دارند در شماری از بست‌های این نهاد افرادی با مدرک‌های تحصیلی کارشناسی ارشد و دکتری برکنار شده و به جای آنان افرادی با مدرک تحصیلی لیسانس و پایین‌تر از آن گماشته شده‌اند. یلدا رویان، سرپرست انسجام و ارتباط با ولایت‌ها در ادارۀ مستقل ارگان‌های محلی به تازگی از این نهاد استفاده داده است. او در استعفانامهاش رییس ادارۀ مستقل ارگان‌های محلی را به تبعیض قومی متهم می‌سازد و می‌گوید آقای کتوازی در پی تصفیۀ قومی در این اداره است.
خانم رویان استعفانامهاش را در برگۀ فیس‌بوکش نیز گذاشته است. در متن این سند آمده است که همۀ استخدام‌های جدید در این اداره بر پایۀ تبعیض قومی استوار است. خانم رویان خطاب به شمیم خان کتوازی نوشته است: «یک‌سان‌سازی قومی بخشی از مأموریت شما محسوب می‌شود. چنان‌چه از آغاز کارتان در این اداره، اکثریت مقرری‌ها از یک سمت و قوم خاصی صورت گرفته است. از تبدیلی و برکناری هزاره‌ها گرفته تا پاک‌سازی این اداره از اوزبیک‌ها بر همۀ کارمندان هویداست.» خانم رویان همچنان می‌افزاید که همۀ تصمیم‌ها و استخدام‌ها در این اداره به گونۀ فردی و انحصاری صورت می‌گیرد و مخالفت او با این روند با تهدیدهای نزدیکان رییس این اداره همراه بوده است.
در این استعفانامه ابراز سخنان اهانت‌آمیز علیه هزاره‌ها، تبعیض قومی و جنسیتی، سمت‌گرایی، انحصارگرایی، استبداد و زورگویی از عمده‌ترین مواردی‌اند که سبب شده است خانم رویان از این نهاد استعفا دهد.
یاسر حسن و آمنه امید دو کارمند پیشین ادارۀ مستقل ارگان‌های محلی نیز رییس این اداره را به برخوردهای عقده‌یی، جابه‌جایی افرادی با تحصیلات پایین به جای افراد تحصیل کرده تا مقطع ماستری و دکتری و حذف قومی متهم می‌کنند. آقای حسن در گفت‌وگو با برخی از رسانه‌ها می‌گوید که پس از تقرری آقای کتوازی در ادارۀ مستقل ارگان‌های محلی، تغییرات بی‌پیشینه‌یی در این نهاد به میان آمده است. به گفتۀ او، این اقدام برخلاف قانون کار است که بر مصونیت شغلی افراد تأکید دارد.
یک کارمند دیگر این اداره که نخواست نامش در این گزارش درج شود، ادعا دارد که روند تصفیۀ قومی در ادارۀ مستقل ارگان‌های محلی به گونۀ وحشت‌ناک آن ادامه دارد. به سخن او، پس از آمدن آقای شمیم خان کتوازی ۱۳ تا ۱۴ رییس که متعلق به قوم‌های غیرپشتون بودند از سمت‌های‌شان برکنار شدند و به جای آنان افراد فاقد ظرفیت و شایسته‌گی لازم بر اساس مناسبت‌های قومی از ولایت‌های پکتیکا و پکتیا استخدام شده‌اند.
این کارمند پیشین ادارۀ ارگان‌های محلی می‌افزاید: «برکناری دکترای حقوق و استخدام یک دوازده پاس به جای او چه معنایی می‌دهد؟» به سخن او، بسیاری از کسانی که به تازه‌گی از سوی آقای کتوازی در این نهاد مقرر شده‌اند با سطح تحصیلی، توان‌مندی و ظرفیت علمی کارمندان پیشین قابل مقایسه نیستند. این کارمند پیشین ادارۀ مستقل ارگان‌های محلی اضافه می‌کند که مشاور حقوقی برطرف شدۀ این نهاد سند دکتری داشت و به عوض او یک فرد دوازده پاس به عنوان مشاور حقوقی این نهاد مقرر شده است. همین گونه مشاور حکومت‌داری پیشین نیز سند دکتری داشته که به جای او فردی با درجۀ لیسانس گماشته شده است.
کارمندان برکنار شدۀ ادارۀ مستقل ارگان‌های محلی با پخش فهرستی از ریاست‌های این اداره خاطرنشان می‌سازند که روند تصفیۀ قومی در این اداره بیداد می‌کند. بر بنیاد اطلاعات آنان، رییس عمومی منابع بشری، رییس استخدام، رییس ارتقای ظرفیت، رییس تفتیش، رییس واحدهای اداری، رییس انسجام و ارتباط با ولایت‌ها، رییس عمومی دفتر ، رییس اسناد و ارتباط، رییس تعقیب و هدایات مقام عالی، رییس تدارکات، رییس مالی، رییس پالیسی، رییس اطلاعات و آگاهی عامه، رییس عواید و محاسبۀ شهرداری و رییس خدمات سکتوری معینت شهرداری‌ها همه متعلق به قوم پشتون هستند که بدون رقابت در این سمت‌ها استخدام شده‌اند. به گفتۀ کارمندان برکنار شدۀ این اداره، شماری از این افراد از قبل در این نهاد کار می‌کردند و شمار دیگری به تازه‌گی به جای کارمندان متعلق به اقوام دیگری در این نهاد گماشته شده‌اند.
بر بنیاد این معلومات تنها رییس سیستم‌سازی الکترونیکی، رییس نظارت و ارزیابی و رییس جندر در این نهاد متعلق به قوم هزاره هستند. همین‌گونه، مشاور حقوقی، مشاور تخنیکی معینت شهرداری، مشاور فرهنگی و مشاور حکومت‌داری این اداره از قوم پشتون هستند و به گونۀ غیرقانونی و بدون سپری کردند روند رقابت به این سمت‌ها گماشته شده‌اند.
گفته می‌شود در بست‌های خارج از تشکیل رییس عمومی، رییس عملیاتی و مسوول منابع بشری میثاق شهروندی نیز متعلق به یک قوم خاصی هستند. کارمندان برکنار شدۀ این نهاد همچنان مدعی هستند که آنان یا به گونۀ تبعیض‌آمیزی برکنار شده و یا فضای کاری توسط مسوولان این اداره به گونه‌یی عیار شده است که کارمندان غیر خودی مسوولان ادارۀ مستقل ارگان‌های محلی ناگزیر شوند استعفا بدهند. نظر به سخنان آنان، رییس استخدام قبلی با داشتن مدرک ماستری از اداره و مدیریت و رییس ارتقای ظرفیت این نهاد با داشتن مدرک ماستری اقتصاد از کشور هندوستان از این سمت برکنار شده و به جای آنان افرادی با مدرک تحصیلی لیسانس در این سمت‌ها استخدام شده‌اند.
کارمندان برکنار شده و مستعفی ادارۀ مستقل ارگان‌های محلی همچنان علاوه می‌کنند که افزون بر تبعیض قومی، برخوردهای خشونت‌آمیز و غیرانسانی از سوی مسوولان این اداره با کارمندان پایین‌رتبه و اقوام دیگری در این نهاد صورت می‌گیرد.
ادارۀ مستقل ارگان‌های محلی اما با رد این ادعاها می‌گوید که ترکیب قومی در این اداره درنظر گرفته شده و از همۀ گروه‌های قومی کشور به ویژه تاجیک، اوزبیک و هزاره در این اداره مصروف کارند. نرگس مومند، سخنگوی این اداره به خبرگزاری نشانه می‌گوید که همۀ استخدام‌ها در این اداره با درنظرداشت ترکیب قومی و بر اساس قانون صورت می‌گیرد و هیچ نمونه‌یی از تبعیض قومی در این اداره وجود ندارد. به گفتۀ سخنگوی ادارۀ مستقل ارگان‌های محلی، بسیاری از کسانی که از این اداره برکنار شده‌اند در بست‌های قراردادی کار می‌کردند و این اداره برخلاف قانون هیچ کارمندی را از وظیفه‌اش برکنار نکرده است.
این در حالی است که پس از تقرری شمیم خان کتوازی به عنوان رییس ادارۀ مستقل ارگان‌های محلی صدای اعتراضی شمار زیادی از کارمندان این نهاد علیه تبعیض قومی و برخوردهای خشونت‌آمیز بلند شده است. کارمندان برکنار شدۀ این اداره می‌گویند که افزون بر تبعیض و تصفیۀ قومی، کارمندان اندک و انگشت‌شمار اوزبیک، هزاره و تاجیک در این اداره کوچک‌ترین صلاحیت اجرایی را ندارند و همۀ تصمیم‌گیری‌ها در انحصار رییس این اداره قرار گرفته است.
